解放军医学杂志

北大核心,CA,JST,Pж(AJ),CSCD

国内刊号:11-1056/R

国际刊号:0577-7402

解放军医学杂志2022年第8期:基于生物信息学筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体

发布日期:

作者:李畅,冷清阳,冷华卿,张宏利,李晓华,

单位:1上海中医药大学第七人民医院内分泌科,上海 200137 2上海市黄浦区打浦桥街道社区卫生服务中心,上海 200032

关键词:肥胖,基因表达综合数据库,生物信息学,中药单体,白色脂肪细胞

基金:National Natural Science Foundation of China(82074178);国家自然科学基金(82074178);Shanghai Pudong New Area Key Sub-Specialty Construction Fund(PWZy2020-09);浦东新区卫生系统重点亚专科建设资助项目(PWZy2020-09)

目的 筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体并进行初步验证。方法 从GEO数据库中下载数据集GSE70353和GSE72158。数据集GSE70353含770名不同BMI男性(45~73岁)对应皮下白色脂肪组织(SAT)的基因表达数据,数据集GSE72158含42例女性减肥术前及术后1年SAT的基因表达数据。使用R语言对基因芯片数据集GSE70353和GSE72158分别进行差异分析,并筛选出两个数据集的共同差异表达基因(DEGs),对共同DEGs进行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),鉴定出核心(hub)基因,利用药物基因组数据库(cMAP)筛选出可调控hub基因的中药单体。使用3T3-L1细胞诱导分化为成熟白色脂肪细胞(WAT),选取不同浓度岩白菜素(0、0.4、2、10 μmol/L)和银杏内酯A (0、0.01、0.1、1 μmol/L)处理WAT 24 h,并采用qRT-PCR检测白细胞介素-6(IL-6)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ) mRNA的表达水平。结果 两个数据集中有64个共表达DEGs,GO和KEGG分析显示免疫细胞趋化富集,与补体相关级联激活、各种炎症、营养应激、脂质运输等通路有关。通过Cytoscape鉴定出18个hub基因[APOB(上调),ACP5、C1QB、C1QC、CCL2、CCND1、CD163、CD68、FCER1G、ITGB2、MMP9、MS4A6A、MS4A7、PLEK、SPP1、TNFRSF11B、TYROBP、VSIG4(下调)],利用cMAP筛选出28个可调控hub基因的中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖。与0 μmol/L组相比,0.4 μmol/L岩白菜素组及0.1 μmol/L银杏内酯A组PPARγ mRNA表达水平降低(P<0.05),0.4 μmol/L、10 μmol/L岩白菜素组及0.1 μmol/L银杏内酯A组IL-6 mRNA表达水平降低。结论 共筛选出28个中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖,细胞实验初步证实岩白菜素和银杏内酯A可调节脂肪细胞功能。

来源:2022年第8期

《解放军医学》期刊编辑部

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